Der 1920 im sächsischen Wittenberg geborene Eberhard Kluge studierte ab 1940 in Halle (Saale), Innsbruck, München und Tübingen Medizin, zum Teil unterbrochen vom Einsatz als Soldat im Sanitätsdienst. Eberhard Kluge promovierte 1947 an der Universitäts-Augenklinik Tübingen, wechselte dann aber in das psychiatrische Fach. Seine erste berufliche Station war die Tübinger Universitäts-Nervenklinik unter Ernst Kretschmer.

Ab 1952 sammelte Eberhard Kluge weitere Berufserfahrungen im Ausland. An der privaten Schweizer Nervenheilanstalt „Schlössli“ beschäftigte er sich erstmals – jetzt auch aus einer soziologischen Perspektive – intensiver mit den inneren Strukturen psychiatrischer Kliniken. Schon früh setzte er sich dafür ein, die institutionellen und therapeutischen Verhältnisse stärker auf die Bedürfnisse der Kranken selbst auszurichten.

1955 ging Eberhard Kluge für neun Jahre nach Indonesien, wo er als Arzt auf der Insel Java arbeitete. Er bemühte sich hier auch verstärkt darum, freiwillige Helferinnen und Helfer in die Betreuung psychisch Kranker mit einzubinden. Er belebte das alte sozialpsychiatrische Modell der „Laienhilfe“ neu. Damit sollten auch Ängste und Vorurteile in der Bevölkerung abgebaut werden.

Nach seiner Rückkehr aus Indonesien 1964 war Eberhard Kluge zunächst als stellvertretender Direktor an zwei Landeskrankenhäusern in Baden-Württemberg tätig. 1970 wechselte er auf die Stelle des Direktors des Westfälischen Landeskrankenhauses (WLK) Warstein. Auch hier engagierte er sich für eine wechselseitige Öffnung von Anstalt und Gesellschaft: Die Gründung der Bürgerinitiative „Aktionsgemeinschaft zur Förderung psychisch Behinderter Warstein e. V.“ ging maßgeblich auf Eberhard Kluges Impulse zurück.

Ab 1971 war Eberhard Kluge Mitglied der Psychiatrie-Enquete-Kommission, die bundesweit die gravierenden Missstände in der stationären psychiatrischen Versorgung der großen Anstalten dokumentierte und entsprechende Reformvorschläge ausarbeitete. Eberhard Kluge kritisierte die Missstände als „brutale Realität“.